Vanaf 1985 studeerde Stephan schoolmuziek aan de conservatoria in Utrecht en Hilversum waar hij zijn eerste koordirectielessen kreeg. Daarnaast volgde hij drie maal de Kurt-Thomascursus waar hij onder meer les kreeg van Hans van de Homberg, Jos van Veldhoven en Daniël Reuß.

Stephan studeerde tevens een jaar hoofdvak piano aan het conservatorium bij Arthur Hartong. Zang studeerde hij aan het Utrechts conservatorium bij Eugenie Ditewig. Stephan volgde daar ook lessen van Udo Reinemann en Kenneth Montgomery en studeerde in 2001 af.